Na de Oude Kwaremont, op 37 km van de de streep, bleef nog het Belgisch trio met Van Avermaet, Gilbert en Naesen over. In de sprint was Van Avermaet de snelste. Sagan kreeg af te rekenen met pech, meer dan een training werd deze koers niet voor de Slovaak:
De traditionele vroege vlucht bestond uit zes renners. Landgenoten Gijs Van Hoecke (LottoNL-Jumbo) en Laurens De Vreese (Astana) werden vergezeld door de Nederlander Taco van der Hoorn (Roompot), de Fransen Alexis Gougeard (AG2R) en Christophe Masson (WB Veranclassic) en de Sloveen David Per (Bahrein).
In de achtergrond smakte intussen wereldkampioen Peter Sagan tegen het asfalt. Het werd duidelijk dat de winnaar vooraan zat. Op de Oude Kwaremont sprongen Gilbert, Van Avermaet en Naesen weg van de andere koplopers en zij bleven vooruit. In een spurt met drie in Harelbeke was Van Avermaet de snelste. Gilbert eindigde - net als woensdag in Dwars door Vlaanderen - tweede, Oliver Naesen werd derde
Great to see Olympic Champion @GregVanAvermaet win his first #RBE3H pic.twitter.com/UNmr8dulMU
— E3 Harelbeke (@E3Harelbeke) March 24, 2017
Podium #E3Harelbeke @FocusWTV pic.twitter.com/SHhMX7oEtH
— Jeroen Sap (@JeroenSap) March 24, 2017