Dankzij aangetroffen krantenresten konden de speurders vrij snel achterhalen dat Nguyen op 21 november 2016 om het leven kwam. In het onderzoek naar de identiteit van de jonge vrouw werd gefocust op haar juwelen en de resten van haar kledij. "Van dat uurwerk van het merk Citizen werden slechts 200 exemplaren gefabriceerd. Het model was in principe ook enkel bestemd voor de Japanse markt", getuigde Laurent Libeert van de Cel Vermiste Personen.
Het onderzoek van de nagellak op haar teennagels leverde niets op, maar de kledij bevestigde wel een Aziatische link. In de kraag van een T-shirt stond Masiqinuo te lezen. "Dat is een Aziatisch kledingmerk zonder directe verkooppunten in België", aldus hoofdinspecteur Christophe Bonte. De speurders deden zonder succes nazicht in openstaande verdwijningsdossiers, terwijl ook contacten met Aziatische ambassades en consulaten niets opleverden. De speurders lieten ook een gelaatsreconstructie uitvoeren, die onder andere werd getoond in het VTM-programma Faroek.
In vogelvlucht gaf commissaris Freddy Van Haute een overzicht van de vele pistes die gevolgd werden. Zo werd bij de VDAB onderzocht of er Aziatische vrouwen in de streek gewerkt hadden. "Er werd ook informatie ingewonnen bij massagesalons, in de prostitutiewereld, bij Aziatische restaurants en in de champignonteelt." Daarnaast werd bijvoorbeeld gezocht naar een link met de verdwijning van een Japanse studente in het Franse Besançon. Ook verdwenen Nepalese en Thaise vrouwen passeerden zonder doorbraak de revue. "Er was in de streek ook een man met interesse voor Aziatische vrouwen die bovendien experimenteerde met houtverbranding."
Op 13 augustus 2018 kreeg de Cel Vermiste Personen een telefoontje van de Brusselse lokale politie over een brief die was aangekomen bij de Vietnamese ambassade. "De vader stelde dat zijn dochter in Japan studeerde en naar België was afgereisd. Sedert 21 november 2016 was er geen telefonisch contact meer. Daar ging bij mij al een belletje rinkelen natuurlijk", aldus Laurent Libeert. Bovendien bleek dat Nguyen in Japan een Belg had leren kennen, een zekere John Rosiers. "Die persoon bleek in onze bestanden nergens terug te vinden. Ik zag niet direct dat het om vervalste documenten ging."
Als verbindingsofficier werkt Pascal Wautelet vanuit Bangkok in een zestal landen in Zuid-Oost-Azië. Op 3 oktober 2018 ging hij op vraag van het parket zelf naar de ouders van het slachtoffer voor een DNA-staal. "Ik kreeg een zeer positieve reactie van de ouders die voor het eerst iemand bij hen thuis zien komen in het kader van de verdwijning van hun dochter, na twee jaar zonder nieuws." De vader van Nguyen bezorgde de hoofdcommissaris bij die ontmoeting ook een oude smartphone van zijn dochter. Op zijn eigen smartphone toonde de papa van het slachtoffer ook twee berichten en foto's van haar Belgische vriend.
Op 18 oktober 2018 bevestigde het DNA-onderzoek de identiteit van het slachtoffer. Bij een volgende gesprek met de ouders kreeg de verbindingsofficier nog meer informatie over de vrienden en kennissen van Thi Xuan Nguyen. Zo bleek onder andere dat ze op 11 november 2016 al een eerste vlucht naar België moet gemist hebben. "Hij is lelijk en gierig. Ik boekte een vlucht om naar hem te gaan. We gaan een baby maken", zou ze dan weer over de beschuldigde verteld hebben aan een zus. Op vraag van de ouders trok Wautelet in december 2018 nog naar het graf van het slachtoffer in Geluwe. Hij moest vier wierookstokjes verbranden en wat grond meebrengen. "De wierookstokjes en de grond uit Xuans graf werd in het gebedshotel van hun huis gedeponeerd." Ten slotte was de verbindingsofficier ook betrokken bij de voorbereidingen van de rogatoire commissie en deed hij een terreinonderzoek in Nagoya. Daar woonde, werkte en studeerde Thi Xuan Nguyen in de jaren voor haar dood.
