De vraag is niet of er besmettingen zullen zijn, maar wanneer. Volgens viroloog Marc Van Ranst zullen er al de eerste week besmettingen gemeld worden. Als een leerling, leerkracht of ander personeelslid positief test, moet hij of zij meteen in isolatie voor minstens zeven dagen, luidt het advies van het departement Onderwijs van de Vlaamse overheid.
Het CLB wordt ingezet om uit te zoeken met wie de besmette persoon contact had op school en of zij ook besmet zijn en maatregelen moeten nemen. De contactopspoorders doen hetzelfde werk, maar dan voor de contacten buiten de school.
Bij een besmetting moet niet meteen de hele school gesloten worden. Enkel de klas van de besmette leerling moet in quarantaine. Het CLB zal dan bekijken of er verder maatregelen moeten genomen worden op basis van de contacten die de besmette leerling of leraar had. Als een school toch (gedeeltelijk) gesloten moet worden, wordt die beslissing in samenspraak met het team Infectieziektebestrijding van het Agentschap Zorg en Gezondheid genomen. Zieke leerlingen blijven beter thuis. Als een kind ziek wordt op school, moet de leerling apart opgevangen worden en moeten de ouders hem of haar komen ophalen. Het materiaal dat de leerling heeft aangeraakt en het lokaal waar hij geweest is, moet ontsmet worden.
Het departement Onderwijs raadt de scholen wel af om preventief de temperaturen van kinderen te meten, omdat het "een slechte parameter" is.
Tot slot wijst het departement erop dat kinderen die uit een rode zone terugkeren twee weken in quarantaine moeten, en dus niet naar school mogen gaan. Een school mag het kind ook weigeren. Bij terugkeer uit een oranje zone mag de school dat niet, omdat de quarantaine niet wettelijk verplicht is. Er wordt echter wel gevraagd om vrijwillig zijn verantwoordelijkheid te nemen en het kind thuis te houden. Een kind thuishouden van school zonder gegronde reden (bv. het kind behoort tot een risicogroep, moet in quarantaine of is langdurig ziek) mag dan weer niet. De leerlingen die in quarantaine moeten, kunnen dan via afstandsonderwijs les volgen. Het is aan de school zelf om te bepalen hoe ze dat doen.
